自上世紀80年代初投入300萬元上馬環保設備三相生物硫化床以來，魯抗的工業廢水治理工作一直走在國內同行業的前列。至今，在環保設施投入上累計近4.0億元。

魯抗的治污工作，多次得到上級政府和環保部門的肯定與認可。 2006年國家環?？偩衷谄鸩菪袠I污水處理標準時，將魯抗的污水處理工藝引用為典型案例； 2007年6月，魯抗又被國內唯一一家經國家環?？偩峙鷾食闪⒌娜珖原h保組織 ——《中國環境報》理事會評為“綠色企業管理獎”；同年，被濟寧市政府評為淮河流域水污染防治工作先進單位。

“十三五”期間，魯抗醫藥將繼續踐行“讓人類遠離疾病的痛苦”的使命，堅持“國內一流，行業領先，超前一步，綠色發展”環保理念，充分發揮多年積淀下來的生物技術優勢，按照“綠色搬遷、環保先行”的原則，建設成為資源節約型、環境友好型醫藥企業，責無旁貸地擔當起國有企業的社會責任，為人類醫療保健事業和和諧社會構建做出更大貢獻。